Il n'existe pas de traitement de référence incontestable au cours du SII. Aucun traitement ne guérit la maladie. Le but des traitements est de diminuer la fréquence et l'intensité des symptômes (la disparition complète des symptômes est rare). On ne peut pas prédire l'efficacité d'un traitement chez un patient donné, le traitement doit être adapté au patient lors d'une consultation avec analyse des symptômes. Un traitement efficace à un moment donné peut perdre son effet transitoirement ou durablement. En pratique, on est donc souvent amené à essayer différents traitements chez un même patient. L'inefficacité d'un traitement n'est pas synonyme d'erreur diagnostique.

Antispasmodiques : leur utilisation est basée sur l'existence de troubles moteurs au cours du SII. Il en existe différentes classes thérapeutiques avec des mécanismes d'action différents. Il existe des traitements d'entretien pris une ou plusieurs fois par jour pour éviter une crise douloureuse ou diminuer sa fréquence ou son intensité. Il existe également des traitements d'action rapide que l'on peut prendre ponctuellement lors d'un accès douloureux pour diminuer leur intensité. Les antispasmodiques sont les traitements utilisés en première intention en France.

Pansements intestinaux et argile : chez les patients souffrant de SII avec constipation, ils améliorent les ballonnements et les douleurs abdominales.

Antidépresseurs : en France, ils sont utilisés en deuxième intention à des doses inférieures à celles utilisées pour le traitement de la dépression. Leur mécanisme est une action sur l'hypersensibilité du tube digestif en agissant sur le système nerveux au niveau du tube digestif, de la moelle épinière et/ou du cerveau. Ils peuvent être prescrits à des doses progressives en surveillant les effets secondaires pour les plus anciens, avec une action lente. Les antidépresseurs de classe thérapeutique plus récente sont également utilisés dans le SII notamment aux Etats-Unis.

Antibiotiques : leur utilisation est basée sur le rôle éventuel des bactéries du tube digestif sur les symptômes. Ils peuvent être utilisés sous forme de cure d'une dizaine de jours avec un effet sur les ballonnements et sur les gaz. Il s'agit le plus souvent d'antibiotiques non absorbés par le tube digestif.

Probiotiques : les probiotiques sont des microorganismes, bactéries ou levures, qui exercent après ingestion en quantité suffisante, un effet bénéfique sur la santé. L'efficacité est variable suivant le type de bactéries, la souche, la quantité et le mode d'administration utilisés. Ces traitements ne sont pas remboursés et le plus souvent ne sont pas disponibles sous la forme qui a pu parfois avoir une efficacité démontrée.

Ducrotte P. Options thérapeutiques médicamenteuses et diététiques actuelles. Gastroenterol Cln Biol 2009, 33,  Suppl 1:S68-78

Les anomalies du transit doivent également être corrigées car ils sont sources d'altération de la qualité de vie.

La constipation : des laxatifs peuvent être pris en utilisant des laxatifs non irritants. L'utilisation des laxatifs irritants doit être très limitée et sous contrôle médical.

La diarrhée : la diarrhée peut être traitée par une utilisation prudente des ralentisseurs du transit intestinal.

Ducrotte P. Options thérapeutiques médicamenteuses et diététiques actuelles. Gastroenterol Cln Biol 2009, 33,  Suppl 1:S68-78